獨特的循環miRNA表達譜突出了貝赫切特綜合征中的血栓-炎癥
發表期刊：Ann Rheum Dis
影響因子：19.101
發表時間：2021年11月29日
目的：貝赫切特綜合征（BS）是一種罕見的全身性血管炎，常并發血栓事件。鑒于缺乏有效的生物標志物，BS的診斷依賴于臨床標準。為了尋找用于BS診斷的新生物標志物，本研究確定了BS患者相比于健康對照（HCs）組的血漿循環microRNAs（ci-miRNAs）表達譜。
結果：從微陣列篩選中發現了29個失調（差異表達，DE）的人類ci-miRNAs。聚類分析表明，DE ci-miRNAs明確地將患者與對照組分開，獨立于臨床特征。對驗證隊列的PTA-PCR分析證實了miR-224-5p、miR-206和miR-653-5p的失調。聯合受試者工作特征（ROC）曲線分析表明，此類ci-miRNAs可將BS從HCs中，以及SLE（全身性紅斑狼瘡）和GCA（巨細胞動脈炎）患者中區分開來。功能注釋分析（FAA）顯示，受DE ci-miRNAs影響的最豐富的通路（即細胞-基質相互作用、氧化應激和凝血）與血栓-炎癥機制有關。因此，來自驗證隊列的三個ci-miRNAs的表達與白細胞活性氧的產生和血漿脂質過氧化顯著相關。
結論：本研究中鑒定的ci-miRNA表達譜可能代表了一種新的、侵襲性較差的BS生物標志物，同時表明BS相關血栓-炎癥的表觀遺傳控制。
Fig1. 差異表達（DE）循環microRNA（ci-miRNA）微陣列表達譜層次聚類分析
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34844932/
miRTarBase（2022年更新）：經過實驗驗證的miRNA-靶標相互作用的信息資源
發表期刊：Nucleic Acids Res
影響因子：16.970
發表時間：2021年11月30日
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MicroRNAs（miRNAs）是具有18-26個核苷酸的非編碼RNAs；它們與靶mRNA配對以調節基因表達并在各種生理和病理過程中產生顯著變化。近年來，miRNAs與其靶基因的相互作用已成為藥物開發的主流方向之一。作為一個主要提供經生物實驗驗證的miRNA-靶點相互作用（MTI）的大型生物數據庫，miRTarBase經歷了五次修訂和功能增強。該數據庫已從13389篇文章和CLIP-seq數據中積累了>2200449個經過驗證的MTIs。采用優化的評分系統，以提高本次更新對MTI相關文章和相應疾病信息的關鍵識別能力。此外，與miRNA和靶標結合效率相關的單核苷酸多態性和疾病相關變異在miRNA和基因3’非翻譯區中得到表征。研究人員整合了細胞外囊泡、血液和不同組織的miRNA表達譜，包括外泌體miRNAs和組織特異性miRNAs，以探索miRNA的功能和生物標志物。對于用戶界面，研究人員對與miRNA作用相關的各種驗證實驗進行了分類，包括RNA表達、特異性相互作用、蛋白質表達和生物學功能。研究人員還使用種子序列信息來評估miRNA的結合位點。總之，這些功能的增強使mirTarBase成為最適合研究MTI的數據庫之一，其中包含全面且經過實驗驗證的注釋。最新版本的mirTarBase現已在https://miRTarBase.cuhk.edu.cn/上可用。
Fig2. mirTarBase 9.0的突出改進
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34850920/
mirgenedb2.1：面向所有主要動物門的完整采樣
發表期刊：Nucleic Acids Res
影響因子：16.970
發表時間：2021年11月25日
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本文描述了MirGeneDB（手動管理的microRNA基因數據庫）的更新。遵循microRNA注釋和命名的統一和一致標準，研究人員大幅擴展了MirGeneDB，增加了30個代表之前缺失的后生動物門的物種，如海綿、水母、輪蟲和扁形蟲。MirGeneDB 2.1現在由75個物種組成，跨越約8億年的動物進化過程，包含來自1549個科的16670個microRNAs。此次更新使用了約550個數據集，約75億個測序reads，添加了6000多個microRNAs。通過添加新的系統發育重要物種，尤其是與全基因組復制事件研究相關的物種，并通過更新許多科系和基因的進化起源節點，我們能夠大大改進我們的命名系統。所有更改都可以在專門開發的MirGeneDB版本跟蹤器中進行跟蹤。讀取頁面的性能得到了改進，所有組織和物種的microRNA表達矩陣現在也可以下載。總之，這次更新代表了向所有主要后生動物門的完整采樣邁出了重要的一步，并為比較microRNA基因組學和轉錄組學研究奠定了廣泛需要的基礎。MirGeneDB 2.1是RNAcentral和Elixir Norway的一部分，可在http://www.mirgenedb.org/上公開免費獲取。
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34850127/
microRNAs作為全基因組復制事件起因和后果的指示因子
發表期刊：Mol Biol Evol
影響因子：16.244
發表時間：2021年12月3日
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全基因組重復（WGDs）長期以來被認為是由于在這些事件期間產生的旁系同源物的新功能化而導致形態復雜性急劇增加的因果機制。然而，另一種假設認為，大多數旁系同源物的保留背后不是新功能化，而是預期基因產物的相互連接程度，以及WGD本身的模式。本研究通過檢查有顎類脊椎動物和螯肢節肢動物中microRNAs (miRNAs) 的分布、表達和分子進化來探索WGD的原因和后果。研究發現，雖然miRNA旁系同源物的數量與譜系內經歷的WGD的數量一致，但這些旁系同源物中很少有種子序列發生變化，因此相對于它們的mRNA靶標而言，它們在功能上是等效的。盡管如此，在有顎類動物中，盡管1R同源四倍體化事件后旁系同源物的保留在兩個亞基因組中相似，但有顎類2R異源四倍體化事件產生的旁系同源物在一個亞基因組上保留的數量相對于第二個亞基因組更多，其中在首選亞基因組上發現的miRNA顯示出成熟miRNA轉錄本的更高表達和前體miRNA序列的較慢分子進化。重要的是，WGDs不會導致miRNA新穎性的產生，也不與復雜性的增加相關。相反，基因組本身中miRNA種子序列的數量不僅與復雜化實例更好地相關，而且從機制上解釋了為什么在建立新的miRNA家族時復雜性會增加。
Fig4. miRNA旁系同源物的出現反映了WGD事件的數量
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34865078/
腫瘤進化選擇性地使免疫逃避的核心microRNA機器失活
發表期刊：Nat Commun
影響因子：14.913
發表時間：2021年12月1日
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癌細胞在腫瘤進化過程中獲得了遺傳異質性以逃避免疫監視，但缺乏一個系統的方法來區分驅動突變和“乘客”突變。本研究結合免疫編輯腫瘤的大規模平行測序和CRISPR文庫篩選，在同源小鼠腫瘤模型和共培養系統中研究不同免疫壓力對腫瘤克隆動力學和免疫逃避機制的影響。研究發現核心microRNA（miRNA）的生物發生和靶向機制維持了癌細胞對不依賴PD-1的T細胞介導的細胞毒性的敏感性。機制的遺傳失活或ANKRD52頻繁患者突變的重新引入抑制了癌細胞中的JAK-STAT-干擾素-γ信號傳導和抗原呈遞，主要是通過消除miR-155靶向SOCS1的沉默。在幾乎所有人類癌癥類型中，每個miRNA機器組件的表達與腫瘤內T細胞浸潤密切相關。本研究數據表明，癌細胞可以利用進化保守的miRNA途徑來逃避T細胞介導的消除和免疫治療。
Fig5. miRNA機器調節癌癥內在逃避T細胞攻擊的模型
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34853298/
