Biophysical characterisation of human LincRNA-p21 sense and antisense Alu inverted repeats
人LincRNA-p21正義義和反義Alu反向重復序列的生物物理表征
發表期刊：Nucleic Acids Res
影響因子：16.971
發表時間：2022年5月25日
人類基因間長鏈非編碼RNA-p21（LincRNA-p21）是一種調節性非編碼RNA，在促進細胞凋亡中起重要作用。LincRNA-p21通過與p53抑制復合物的相互作用，在下調許多p53靶基因方面也起著關鍵作用。LincRNA-p21和抑制復合物之間的相互作用可能依賴于RNA三級結構。之前的研究已經使用SHAPE確定了人LincRNA-p21 AluSx1 IRs正義和反義的二維二級結構。然而，對其三維結構卻沒有深入的了解。因此，本研究在體外轉錄了LincRNA-p21 AluSx1反向重復序列（IRs）的正義和反義區域，并進行了分析超速離心、尺寸排阻色譜、光散射和小角X射線散射（SAXS）研究?；谶@些研究，研究人員確定了正義和反義LincRNA-p21的低分辨率三維結構。通過調整之前已知的二維信息，研究人員計算了它們的正義和反義高分辨率模型，并確定它們與使用SAXS確定的低分辨率結構一致。因此，本研究的綜合方法提供了對LincRNA-p21 Alu IRs結構的深入了解。本研究還提供了一條可行的管道，用于將二級結構信息與生物物理和計算研究相結合，以獲得長鏈非編碼RNA的高分辨率原子模型。
Fig1. Alu晶體片段與高分辨率LincRNA-p21正義和反義模型的重疊覆蓋
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35639511/
Long Non-Coding RNA and RNA-Binding Protein Interactions in Cancer: Experimental and Machine Learning Approaches
長鏈非編碼RNA和RNA結合蛋白在癌癥中的相互作用：實驗和機器學習方法
發表期刊：Semin Cancer Biol
影響因子：15.707
發表時間：2022年5月25日
了解組成基因組大部分的非編碼RNAs（ncRNAs）所扮演的復雜和特定的作用，對于理解癌癥的幾乎每一個特征都很重要。這一大類分子在各種細胞過程的關鍵調節機制中發揮著關鍵作用。長鏈非編碼RNA（lncRNA）和RNA結合蛋白（RBP）相互作用介導的調控機制在幾種類型的癌癥中得到了充分證明。它們的作用是通過影響lncRNA和RBP穩定性的網絡、lncRNA代謝（包括m6A和可變剪接）、亞細胞定位以及許多其他與癌癥相關的機制來實現的。本文討論了lncRNAs和RBPs之間的相互作用，以及它們通過組蛋白修飾參與表觀遺傳調控，以及它們在抗癌治療耐藥性中的關鍵作用。RBPs的其他方面，包括它們的結構域，提供了關于lncRNAs和RBPs如何相互作用和發揮其生物學功能的更深入的知識。此外，在機器和深度學習方法的推動下，當前先進的知識更詳細地揭示了這種相互作用，以進一步增強我們對該領域的理解，并討論了利用基于RNA的療法作為癌癥的替代治療模式的潛力。
Fig2. 癌癥中靶向LPIs（lncRNA-蛋白相互作用）的治療策略
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35643221/
A lncRNA signature associated with tumor immune heterogeneity predicts distant metastasis in locoregionally advanced nasopharyngeal carcinoma
一個與腫瘤免疫異質性相關的lncRNA標記可預測局部晚期鼻咽癌的遠處轉移
發表期刊：Nat Commun
影響因子：14.919
發表時間：2022年5月30日
越來越多的證據揭示了長鏈非編碼RNAs（lncRNAs）作為腫瘤生物標志物的作用。本研究報道了一種免疫相關的9-lncRNA標記，用于預測局部晚期鼻咽癌（LA-NPC）的遠處轉移。通過微陣列分析鑒定9個lncRNAs，然后在訓練隊列中使用機器學習方法進行RT-qPCR驗證和選擇（n=177）。這種9-lncRNA標記將患者分為高風險和低風險組，它們遠處轉移的無病生存期存在顯著差異。廣州內部（n=177）和桂林外部（n=150）隊列的驗證產生了相似的結果，證實該標記是遠處轉移的獨立風險因素，并且在鑒定具有高轉移風險的患者方面優于基于解剖學的指標。綜合分析表明，該9-lncRNA標記與免疫活性和淋巴細胞浸潤相關，這已通過數字病理學得到驗證。本研究結果表明，免疫相關的9-lncRNA標記可以作為LA-NPC轉移預測的一個有前景的生物標志物。
Fig3. 9-lncRNA標記和臨床指標用于轉移預測的性能
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35637194/
The long noncoding RNA ADIPINT regulates human adipocyte metabolism via pyruvate carboxylase
長鏈非編碼RNA ADIPINT通過丙酮酸羧化酶調節人類脂肪細胞代謝
發表期刊：Nat Commun
影響因子：14.919
發表時間：2022年5月26日
長鏈非編碼RNAs的多效性功能已被廣泛認識，但它們在調控代謝穩態中的直接作用尚不清楚。本研究描述了一種人類脂肪細胞特異性lncRNA ADIPINT，其調節丙酮酸羧化酶，一種能量代謝中的關鍵酶。研究人員開發了一種方法，使用正交有機相分離鑒定靶標RNA-蛋白，該方法確定了ADIPINT與丙酮酸羧化酶結合并用電子顯微鏡驗證了這種相互作用。ADIPINT敲低會改變相互作用組，并降低了線粒體中丙酮酸羧化酶的豐度和酶活性。ADIPINT或丙酮酸羧化酶表達降低會降低脂肪細胞脂質合成、分解和脂質含量。在人類白色脂肪組織中，肥胖患者的ADIPINT表達增加，并與脂肪細胞大小、脂肪胰島素抵抗和丙酮酸羧化酶活性有關。因此，本研究將ADIPINT確定為人類白色脂肪細胞中脂質代謝的調節因子，至少部分是通過其與丙酮酸羧化酶的相互作用介導的。
Fig4. ADIPINT-PC相互作用對脂肪細胞代謝影響的工作模型
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35618718/
A brain-enriched lncRNA shields cancer cells from immune-mediated killing for metastatic colonization in the brain
一個大腦富集的lncRNA保護癌細胞免受免疫介導的殺傷，從而在大腦中轉移定植
發表期刊：PNAS
影響因子：11.205
發表時間：2022年5月31日
目前治療選擇有限的腦轉移是晚期癌癥患者的常見并發癥，而乳腺癌腦轉移（B2BM）是主要類型之一。本研究報道了腦轉移致癌長鏈非編碼RNA（BMOR）是B2BM發展的一個關鍵的腦富集長鏈非編碼RNA。研究證明了BMOR允許B2BM細胞通過逃避大腦微環境中免疫介導的殺傷來定植在腦組織中。在分子水平上，BMOR結合并滅活B2BM細胞中的IRF3。最后，BMOR silencer可以有效抑制體內腦轉移的發展。因此，本研究結果揭示了癌細胞在腦微環境中逃避免疫介導的殺傷以進行腦轉移發展的一種方式，并針對B2BM建立了具有潛在靶向策略的治療靶點。
Fig5. 可藥化BMOR介導的作用機制示意圖
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35617432/
