在線工具
為了方便廣大科研工作者對各類編碼和非編碼RNA做結構或序列分析、注釋、預測基因靶標、功能查詢等生物信息學內容，我們在此匯集了許多常用的在線工具。
RiboBio Galaxy 生信分析平臺致力于解決生物信息分析中常見的文本處理、格式轉換、以及數據可視化等問題，詳情點擊：galaxy.ribobio.com:8088/
RiboBio Primer Design ?Tools為用戶提供簡單、方便、快捷的引物設計平臺，提供基礎、標準和高級版，詳情點擊:http://www.jyzfjx.com/service-and-support/ribobio-primer-design-tools/
NCBI (National Center for Biotechnology Information）是指美國國立生物技術信息中心，NCBI研究小組包括計算機科學家，分子生物學家，數學家，生物化學家，實驗物理學家，和結構生物學家，集中于計算分子生物學的基本的和應用的研究。這些問題包括基因的組織，序列的分析，和結構的預測。目前研究計劃的一些代表是：檢測和分析基因組織，重復序列形式，蛋白domain和結構單元，建立人類基因組的基因圖譜，HIV感染的動力學數學模型，數據庫搜索中的序列錯誤影響的分析，開發新的數據庫搜索和多重序列對齊算法，建立非冗余序列數據庫，序列相似性的統計顯著性評估的數學模型和文本檢索的矢量模型。另外，NCBI研究者還堅持推動與NIH內部其他研究所及許多科學院和政府的研究實驗室的合作。
miRBase序列數據庫是一個提供包括 miRNA 序列數據、注釋、預測基因靶標等信息的全方位數據庫，是 miRNA 研究權威數據依據之一。microRNA 21.0版是最新版本，新版數據庫的可靠性進一步提升，總計，新增了4196條發夾前體序列和5441條成熟miRNA，并清除了一些不明確的和錯誤注釋的序列。
EXORBASE是由人血液外體的RNA SEQ數據分析衍生的環狀RNA（circRNA）、長鏈非編碼RNA（lncRNA）和信使RNA（mRNA）的儲存庫，還包括來自已發表文獻的實驗驗證。EXORBASE基于正常人和不同疾病患者的標準化RNA SEQ數據，整合和可視化RNA表達譜。EXOBASE的目的是收集和表征人類血液外體中的所有長RNA物種。提供了注釋、表達水平和可能的原始組織。EXORBASE將幫助研究人員識別血液外體中的分子標記，并將觸發新的循環生物標志物發現和人類疾病的功能含義。
CSCD（癌癥特異性circRNA數據庫）是為癌癥特異性環蛋白開發的數據庫。CSCD收集了來自87個癌細胞樣品的可用RNA測序（總RNA與rRNA去除或polyA富集）數據集。我們使用了4種流行的算法：CIRI, find_circ, circRNA_finder和circexplorer進行了綜合分析。然后我們收集僅在癌癥樣本中鑒定的circRNA，而不是任何正常樣品。目前在CSCD有272152種癌癥特異性circRNA。
CIRCpedia (v2)
CIRCpedia (v2)是一個更新的綜合數據庫，包含來自六個不同物種的超過150個RNA SEQ數據集的circRNA注釋，允許用戶搜索、瀏覽和下載具有各種細胞類型/組織（包括疾病樣本）的表達特征/特征的circRNA。此外，更新的數據庫結合了人與小鼠之間的CrCRNs的保守性分析。最后，Web界面還包含用于比較樣本之間的CyrRNA表達的計算工具。
PlantRNA:http://plantrna.ibmp.cnrs.fr/
Ensembl
piRNApredictor
RNAfold web server
NRED
提供人和小鼠的長鏈非編碼RNA在芯片數據的表達信息。這也是John?mattick實驗室構建的網站。
LncRNADisease database
circRNADb數據庫
UniProt蛋白序列與功能
UniProt為科學界提供一個全面、高質量、可自由獲取的蛋白質序列和功能信息資源。
https://www.uniprot.org/
LNCipedia
對人類的長鏈非編碼RNA的序列和結構全面的注釋。
ExoCarta外泌體數據庫
外泌體是由大多數細胞類型分泌的內吞細胞來源的30～150 nm的膜囊泡，ExcOctA是一個外泌體數據庫，提供了在多個生物體中的外來體中識別的內容。
http://www.exocarta.org/
Vesiclepedia胞外囊泡數據庫
Vesiclepedia是一個專門收錄胞外囊泡研究的數據庫，涉及到的物種有33個，來源研究538個，包含了凋亡體，微泡，外泌體等在內的囊泡中發現的miRNA/mRNA/蛋白 /脂類。
EVpedia
The Functional lncRNA Database
一個哺乳動物長鏈非蛋白編碼轉錄本數據庫。如果要搜索特定的lncRNA，請在搜索框中輸入其名稱，然后選擇特定的物種。還可以一次瀏覽所有lncRNAs。當前，該數據庫包含了來自人類、小鼠和大鼠的lncRNAs。
lncRNAdb
提供有生物學功能的長鏈非編碼RNA的全面注釋。這是長鏈非編碼RNA研究領域的大牛John mattick實驗室構建的網站。
NONCODE
提供對長鏈非編碼RNA的全面注釋，包括表達和該團隊開發的ncFANs計算機軟件預測的lncRNA功能，這是非編碼RNA研究的知名數據庫。
GeneCards v3
GeneCards是一個可搜索的集成的人類基因數據庫，提供了簡潔的基因組相關的信息，對所有已知和預測的人類基因。
NCBI/ BLAST
序列分析常用工具。BLAST發現生物序列之間的相似區域，該程序將核苷酸或蛋白質序列與序列數據庫進行比較，并計算統計學意義。
Linc2GO數據庫
該數據庫旨在提供人類lncRNA的全面功能注釋，整合了microRNA-mRNA以及microRNA-lncRNA相互作用數據以基于“ceRNA假說”產生lncRNA功能注釋。
lncLocator: long non-coding RNA
由上海交大模式識別與生物信息學研究組開發，用于預測lncRNA在亞細胞中的定位。
UCSC Genome Browser
TCGA
circNet
整合circRNA-miRNA-mRNA的互作網絡。
circRNA檢索數據庫
用于檢索circRNA信息。
http://www.circbase.org/
CircPro
CircPro是自動化高通量數據分析流程，它能夠檢測circRNAs，預測其蛋白質編碼潛力，并發現Ribo測序數據的連接讀取。
cystoscape網絡圖
Cytoscape是一個專注于開源網絡可視化和分析的軟件，它可以建構分子交互作用網絡，以可視化的方法將分子間的互作關系展現出來。
catRAPID
大規模預測RNA與蛋白質相互作用的算法。
弦圖（Chord Diagram）
ceRNA功能研究數據庫：circNet
