Cell丨群體規模組織轉錄組學將lncRNA映射到復雜疾病
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IF：38.637? 2021年4月13日
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長鏈非編碼RNA（lncRNA）基因對分子和細胞功能具有廣泛而重要的影響。然而，在成千上萬的lncRNA基因中，鑒定具有疾病或性狀相關性的子集仍然是一項重大挑戰。為了系統地表征這些lncRNA基因，本研究使用了基因型組織表達（GTEx）項目v8遺傳和多組織轉錄組學數據來分析49種組織中14,100個lncRNA基因的表達、遺傳調控、細胞背景和性狀關聯，共有101種不同的復雜遺傳性狀。使用這些方法，研究人員確定了1,432個lncRNA基因-性狀關聯，其中800個不能通過鄰近蛋白質編碼基因的強效應來解釋。這包括lncRNA數量性狀基因座與炎癥性腸病、1型和2型糖尿病、冠狀動脈疾病之間的關聯，以及與體重指數之間的罕見變異關聯。
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33864768/
Science Advances丨lncRNA ADEPTR通過定位樹突中的Sptn1和AnkB來介導結構可塑性
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IF：13.116? 2021年4月16日
突觸中活性依賴性結構可塑性需要神經元轉錄組的特定變化。盡管關于編碼元件在此過程中的作用已廣為人知，但長鏈非編碼轉錄組的作用仍然不清楚。本研究發現了一個內含子長鏈非編碼RNA（lncRNA）ADEPTR，它在海馬神經元中以cAMP/PKA依賴性方式上調并進行突觸運輸，獨立于其蛋白編碼宿主基因。ADEPTR功能的喪失抑制了樹突棘突觸傳遞和結構可塑性的活性依賴性變化。從機制上講，ADEPTR的樹突狀定位是由分子馬達蛋白Kif2A介導的。ADEPTR通過一個保守序列與肌動蛋白支架調節因子錨蛋白（AnkB）和血影蛋白（Sptn1）物理結合，這對于其樹突狀定位是必需的。總之，該研究證明了lncRNA的活性依賴性突觸靶向如何介導突觸的結構可塑性。
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33863727/
Nucleic Acids Research丨重復插入結構域對lncRNA ANRIL反式活性的影響
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IF：11.501? 2021年4月19日
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lncRNAs通過例如在染色質水平上調節基因表達，已成為細胞穩態的關鍵調節因子。本研究報道了與多種病理學相關的lncRNA ANRIL，其與遍布在整個哺乳動物基因組中的數千個位點結合，共享一個富含G/A殘基的21 bp基序。通過將ANRIL基因組占有率與轉錄組分析相結合，研究人員分別建立了65個和123個可能被ANRIL反式直接激活和沉默的基因列表。研究還發現，ANRIL的Exon8（主要由轉座元件組成）有助于ANRIL基因組關聯，從而影響其反式活性。此外，實驗結果顯示Exon8支持ANRIL與FIRRE、TPD52L1和IGFBP3基因座的關聯，可通過H3K27me3沉積來調節其表達。研究人員還調查了Exon8參與支持ANRIL與基因組關聯的機制。本研究數據完善了ANRIL的反式活性，并突出了TEs對ANRIL活性的重要性功能。
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33872355/
Trends in Genetics丨探索lncRNAs的可變剪接
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IF：11.333? 2021年4月20日
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像蛋白質編碼基因一樣，長鏈非編碼RNA（lncRNA）基因也由內含子和外顯子組成。轉錄后，lncRNA進行組成性和/或可變剪接。本文描述了關于lncRNA剪接變體的當前知識及其在細胞生物學中的功能含義。
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33892960/
Genome Biology丨PD-L1 lncRNA剪接異構體通過增強c-Myc活性促進肺腺癌的進展
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IF：10.806? 2021年4月13日
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研究背景：盡管使用PD-L1阻斷劑來增強T細胞免疫應答在腫瘤免疫治療中顯示出了巨大的前景，但免疫檢查點抑制策略對于實體瘤患者的治療是有限的。這種免疫檢查點抑制策略在實體腫瘤中的作用機制和功效尚不清楚。
研究結果：通過qRT-PCR、Sanger測序和RNA BaseScope分析，發現人類肺腺癌（LUAD）均通過可變剪接產生了PD-L1長鏈非編碼RNA異構體（PD-L1-lnc），無論腫瘤的PD-L1蛋白是陽性還是陰性。與PD-L1 mRNA相似，PD-L1-lnc在各種肺腺癌細胞中被IFNγ顯著上調。體外和體內研究均表明，PD-L1-lnc增加了肺腺癌細胞的增殖和侵襲，但減少了細胞凋亡。機制上，PD-L1-lnc通過直接結合c-Myc并增強c-Myc轉錄活性來促進肺腺癌的進展。
研究結論：總之，PD-L1基因可以通過可變剪接產生長鏈非編碼RNA，從而通過增強c-Myc活性來促進肺腺癌的進展。實驗結果支持在肺癌治療中聯合PD-L1-lnc缺失和PD-L1阻滯的研究。
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33849634/
