Cell丨群體規(guī)模組織轉(zhuǎn)錄組學(xué)將lncRNA映射到復(fù)雜疾病
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IF：38.637? 2021年4月13日
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長鏈非編碼RNA（lncRNA）基因?qū)Ψ肿雍图?xì)胞功能具有廣泛而重要的影響。然而，在成千上萬的lncRNA基因中，鑒定具有疾病或性狀相關(guān)性的子集仍然是一項(xiàng)重大挑戰(zhàn)。為了系統(tǒng)地表征這些lncRNA基因，本研究使用了基因型組織表達(dá)（GTEx）項(xiàng)目v8遺傳和多組織轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)來分析49種組織中14,100個(gè)lncRNA基因的表達(dá)、遺傳調(diào)控、細(xì)胞背景和性狀關(guān)聯(lián)，共有101種不同的復(fù)雜遺傳性狀。使用這些方法，研究人員確定了1,432個(gè)lncRNA基因-性狀關(guān)聯(lián)，其中800個(gè)不能通過鄰近蛋白質(zhì)編碼基因的強(qiáng)效應(yīng)來解釋。這包括lncRNA數(shù)量性狀基因座與炎癥性腸病、1型和2型糖尿病、冠狀動(dòng)脈疾病之間的關(guān)聯(lián)，以及與體重指數(shù)之間的罕見變異關(guān)聯(lián)。
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33864768/
Science Advances丨lncRNA ADEPTR通過定位樹突中的Sptn1和AnkB來介導(dǎo)結(jié)構(gòu)可塑性
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IF：13.116? 2021年4月16日
突觸中活性依賴性結(jié)構(gòu)可塑性需要神經(jīng)元轉(zhuǎn)錄組的特定變化。盡管關(guān)于編碼元件在此過程中的作用已廣為人知，但長鏈非編碼轉(zhuǎn)錄組的作用仍然不清楚。本研究發(fā)現(xiàn)了一個(gè)內(nèi)含子長鏈非編碼RNA（lncRNA）ADEPTR，它在海馬神經(jīng)元中以cAMP/PKA依賴性方式上調(diào)并進(jìn)行突觸運(yùn)輸，獨(dú)立于其蛋白編碼宿主基因。ADEPTR功能的喪失抑制了樹突棘突觸傳遞和結(jié)構(gòu)可塑性的活性依賴性變化。從機(jī)制上講，ADEPTR的樹突狀定位是由分子馬達(dá)蛋白Kif2A介導(dǎo)的。ADEPTR通過一個(gè)保守序列與肌動(dòng)蛋白支架調(diào)節(jié)因子錨蛋白（AnkB）和血影蛋白（Sptn1）物理結(jié)合，這對于其樹突狀定位是必需的。總之，該研究證明了lncRNA的活性依賴性突觸靶向如何介導(dǎo)突觸的結(jié)構(gòu)可塑性。
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33863727/
Nucleic Acids Research丨重復(fù)插入結(jié)構(gòu)域?qū)ncRNA ANRIL反式活性的影響
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IF：11.501? 2021年4月19日
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lncRNAs通過例如在染色質(zhì)水平上調(diào)節(jié)基因表達(dá)，已成為細(xì)胞穩(wěn)態(tài)的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子。本研究報(bào)道了與多種病理學(xué)相關(guān)的lncRNA ANRIL，其與遍布在整個(gè)哺乳動(dòng)物基因組中的數(shù)千個(gè)位點(diǎn)結(jié)合，共享一個(gè)富含G/A殘基的21 bp基序。通過將ANRIL基因組占有率與轉(zhuǎn)錄組分析相結(jié)合，研究人員分別建立了65個(gè)和123個(gè)可能被ANRIL反式直接激活和沉默的基因列表。研究還發(fā)現(xiàn)，ANRIL的Exon8（主要由轉(zhuǎn)座元件組成）有助于ANRIL基因組關(guān)聯(lián)，從而影響其反式活性。此外，實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示Exon8支持ANRIL與FIRRE、TPD52L1和IGFBP3基因座的關(guān)聯(lián)，可通過H3K27me3沉積來調(diào)節(jié)其表達(dá)。研究人員還調(diào)查了Exon8參與支持ANRIL與基因組關(guān)聯(lián)的機(jī)制。本研究數(shù)據(jù)完善了ANRIL的反式活性，并突出了TEs對ANRIL活性的重要性功能。
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33872355/
Trends in Genetics丨探索lncRNAs的可變剪接
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IF：11.333? 2021年4月20日
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像蛋白質(zhì)編碼基因一樣，長鏈非編碼RNA（lncRNA）基因也由內(nèi)含子和外顯子組成。轉(zhuǎn)錄后，lncRNA進(jìn)行組成性和/或可變剪接。本文描述了關(guān)于lncRNA剪接變體的當(dāng)前知識及其在細(xì)胞生物學(xué)中的功能含義。
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33892960/
Genome Biology丨PD-L1 lncRNA剪接異構(gòu)體通過增強(qiáng)c-Myc活性促進(jìn)肺腺癌的進(jìn)展
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IF：10.806? 2021年4月13日
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研究背景：盡管使用PD-L1阻斷劑來增強(qiáng)T細(xì)胞免疫應(yīng)答在腫瘤免疫治療中顯示出了巨大的前景，但免疫檢查點(diǎn)抑制策略對于實(shí)體瘤患者的治療是有限的。這種免疫檢查點(diǎn)抑制策略在實(shí)體腫瘤中的作用機(jī)制和功效尚不清楚。
研究結(jié)果：通過qRT-PCR、Sanger測序和RNA BaseScope分析，發(fā)現(xiàn)人類肺腺癌（LUAD）均通過可變剪接產(chǎn)生了PD-L1長鏈非編碼RNA異構(gòu)體（PD-L1-lnc），無論腫瘤的PD-L1蛋白是陽性還是陰性。與PD-L1 mRNA相似，PD-L1-lnc在各種肺腺癌細(xì)胞中被IFNγ顯著上調(diào)。體外和體內(nèi)研究均表明，PD-L1-lnc增加了肺腺癌細(xì)胞的增殖和侵襲，但減少了細(xì)胞凋亡。機(jī)制上，PD-L1-lnc通過直接結(jié)合c-Myc并增強(qiáng)c-Myc轉(zhuǎn)錄活性來促進(jìn)肺腺癌的進(jìn)展。
研究結(jié)論：總之，PD-L1基因可以通過可變剪接產(chǎn)生長鏈非編碼RNA，從而通過增強(qiáng)c-Myc活性來促進(jìn)肺腺癌的進(jìn)展。實(shí)驗(yàn)結(jié)果支持在肺癌治療中聯(lián)合PD-L1-lnc缺失和PD-L1阻滯的研究。
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33849634/
