miRNA(microRNA)是一組由基因組編碼的長度約20～23個核苷酸的非編碼RNA，通過和靶基因mRNA堿基配對引導沉默復合體(RISC)降解mRNA或阻礙其翻譯。
miRNA(microRNA)在物種進化中相當保守，在植物、動物和真菌中發現的miRNA(microRNA)大部分在特定的組織和發育階段表達。miRNA(microRNA)的組織特異性和時序性，決定組織和細胞的功能特異性，表明miRNA在細胞生長和發育過程的調節過程中起多種作用。

miRBase序列數據庫是存儲miRNA信息最主要的公共數據庫之一，提供公布的miRNA(microRNA)序列及注釋信息。目前miRBase(Release 21.0)收錄miRNAs總數量已突破35000條。

①確定命名規則之前發現的miRNA(microRNA)，則保留原來名字，如hsa-let-7。
②miRNA(microRNA)成熟體簡寫成miR，再根據其物種名稱，及被發現的先后順序加上阿拉伯數字，如hsa-miR-122；
③高度同源的miRNA(microRNA)在數字后機上英文小寫字母(a,b,c,…)，如hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等；
④由不同染色體上的DNA序列轉錄加工而成的具有相同成熟體序列的miRNA(microRNA)，則在后面加上阿拉伯數字以示區分，如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2；
⑤通常一個miRNA(microRNA)前體長度大約為70~80nt，很可能兩個臂分別產生miRNA(microRNA)。

以前的做法是：表達水平較高的miRNA(microRNA)后面不加任何符號，而表達水平較低的miRNA(microRNA)后面加上*號，如rno-miR-9*。有時帶“*”的miRNA(microRNA)就根本不出現。

而如果沒有明顯的表達差異，則以“-5p”和“-3p”分別命名。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p，分別表明從hsa-mir-26b前體的5’端臂和3’端臂加工而來的。

在以前的命名中，有時也會以“-s”和“-as”來命名，但現在已經取消了這種命名方式。

注意：miRBase 18.0對miRNA(microRNA)成熟體的名稱進行了大量的修改，很多帶“*”的miRNA(microRNA)都變成了“-5p”或“-3p”。當然，新名稱下面對應有其原來的名稱。

案例請見：http://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0000442

① miRNA(microRNA)前體
發夾狀結構的miRNA(microRNA)前體轉錄本以“mir”命名，其編號以“MI”編號，如人的miRNA 122的前體ID為hsa-mir-122，Accession為MI0000442。
② miRNA(microRNA)成熟體
大約20～23nt的miRNA(microRNA)成熟體以“miR”命名，其編號以“MIMAT”編號，如人的miR-122有兩個成熟體，其中之一ID為hsa-miR-122-5p ，Accession為 MIMAT0000421;另一個為ID為hsa-miR-122-3p ，Accession為 MIMAT000 4590。

案例請見：http://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0000442

①動物：
miRNA(microRNA)前體：以動物物種縮寫+“-”+ mir+“-”+命名順序，如hsa-mir-122；
miRNA(microRNA)成熟鏈：以動物物種縮寫+“-”+ miR+“-”+命名順序，如hsa-miR-122-5p；
②植物：
miRNA(microRNA)前體：以植物物種縮寫+“-”+ MIR+命名順序，如ath-MIR156a。注意：MIR是大寫，并與命名順序之間沒有“-”；
miRNA(microRNA)成熟鏈：以植物物種縮寫+“-”+ miR+命名順序，如ath-miR156a。注意：miR是小寫，并與命名順序之間沒有“-”；
③ 病毒：
miRNA(microRNA)前體：以病毒物種縮寫+“-”+ mir+命名順序，如bhv1-mir-B1；
miRNA(microRNA)成熟鏈：以病毒物種縮寫+“-”+ miR+命名順序，如bhv1-miR-B1。