Integrated lncRNA function upon genomic and epigenomic regulation
基因組和表觀基因組調控中整合的lncRNA功能
發表期刊：Mol Cell
影響因子：17.970
發表時間：2022年6月16日
盡管一些長鏈非編碼（lnc）RNAs早在20世紀50年代就已被發現，但在過去的25年中，已經發現了無數具有不同序列、結構和功能的lncRNAs。高通量和靈敏技術的出現進一步揭示了lncRNA-相互作用分子和lncRNAs表達模式的巨大異質性。我們為廣泛的lncRNAs家族提出了一個統一的功能主題。在初級水平上，基因表達的基因組程序是通過典型轉錄和轉錄后mRNA組裝、轉換和翻譯來引發的。在此調控的基礎上，表觀基因組程序通過修改染色質結構以及DNA和RNA化學來完善基本的基因組控制。疊加在基因組和表觀基因組程序之上，lncRNAs創建了一個額外的調控維度：通過與調節細胞核和細胞質中基因表達的蛋白質和核酸相互作用，lncRNAs有助于建立強大、靈活和特異性的轉錄和轉錄后調控。本文描述了我們目前對lncRNA協調控制蛋白質程序和細胞命運的理解，并討論了接下來25年lncRNA發現過程中面臨的挑戰和機遇。
Fig1. lncRNAs超基因組調控的概念總結
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35714586/
Chitosan-Gelatin-EGCG Nanoparticle-Meditated LncRNA TMEM44-AS1 Silencing to Activate the P53 Signaling Pathway for the Synergistic Reversal of 5-FU Resistance in Gastric Cancer
殼聚糖-明膠-EGCG納米顆粒介導的LncRNA TMEM44-AS1沉默激活P53信號通路協同逆轉胃癌的5-FU耐藥性
發表期刊：Adv Sci (Weinh)
影響因子：16.806
發表時間：2022年6月19日
化療耐藥是導致胃癌（GC）治療失敗的主要原因之一。最近的研究表明，lncRNAs在調節GC化學抗性中發揮著關鍵作用。納米載體遞送小干擾RNA（siRNA）以沉默癌癥相關基因已成為癌癥治療研究的一種新方法。然而，尋找靶基因和開發能夠選擇性遞送用于疾病治療的siRNA的納米系統仍然是一個挑戰。本研究鑒定了一個與5-FU抗性相關的新型lncRNA TMEM44-AS1。TMEM44-AS1具有結合和充當miR-2355-5p海綿的能力，導致PPP1R13L表達上調和P53通路抑制。接下來，開發了一種名為殼聚糖-明膠-EGCG（CGE）的新型納米載體，它具有比lipo2000更高的基因沉默效率，以幫助傳遞si-TMEM44-AS1可以有效地沉默TMEM44-AS1表達以協同逆轉GC中的5-FU抗性，導致GC異種移植小鼠模型中的5-FU治療效果顯著增強。這些發現表明，TMEM44-AS1可以評估GC病例中的5-FU治療結果，并且全身si-TMEM44-AS1遞送聯合5-FU治療對復發性GC患者的治療具有重要意義。
Fig2. CGE/si-TMEM44-AS1復合物增加胃癌細胞對5-FU敏感性的作用機制示意圖
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35717675/
A long noncoding RNA promotes parasite differentiation in African trypanosomes
一種長鏈非編碼RNA促進非洲錐蟲的寄生蟲分化
發表期刊：Sci Adv
影響因子：14.136
發表時間：2022年6月17日
寄生蟲布氏錐蟲（Trypanosoma brucei）會導致非洲昏睡病，如果不治療，對患者來說是致命的。寄生蟲從復制的細長形式分化為靜止的矮胖形式可促進宿主存活和寄生蟲傳播。已知長鏈非編碼RNAs（lncRNAs）可調節其他真核生物的細胞分化。為了確定lncRNAs是否也參與寄生蟲分化，本研究使用RNA測序對T. brucei基因組進行了調查，鑒定出1428個以前未被鑒定的lncRNA基因。研究人員發現grumpy lncRNA是促進寄生蟲分化為靜止矮胖形態的關鍵調節因子。這個功能是由grumpy lncRNA中編碼的小核仁RNA促進的。snoGRUMPY與至少兩個矮胖的調控基因的信使RNA結合，促進它們的表達。grumpy過表達減少了受感染小鼠的寄生蟲血癥。本研究分析表明T. brucei lncRNAs調節寄生蟲-宿主相互作用，并提供了一種grumpy調節錐蟲細胞分化的機制。
Fig3. grumpy過表達促進體內過早分化成矮胖的形式并延長小鼠的存活時間
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35704590/
Methodological considerations for circulating long noncoding RNA quantification
循環長非編碼RNA定量的方法學考慮
發表期刊：Trends Mol Med
影響因子：11.951
發表時間：2022年6月11日
在過去十年中，大量資源投入到長鏈非編碼RNA（lncRNA）研究中。盡管有可用的知識，但我們還遠未將lncRNA納入臨床實踐。本文強調了該領域的技術挑戰，希望能引起回應，從而形成新的共識和指導方針。
Fig4. 循環細胞游離長鏈非編碼RNA（lncRNA）定量的考慮
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35701316/
A multifunctional locus controls motor neuron differentiation through short and long noncoding RNAs
一個多功能基因座通過短鏈和長鏈非編碼RNAs控制運動神經元的分化
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發表期刊：EMBO J
影響因子：11.598
發表時間：2022年6月13日
從分裂祖細胞到有絲分裂后運動神經元（MNs）的轉變是由一系列事件協調完成的，這些事件主要通過分析特定編程轉錄因子的活性在轉錄水平上進行研究。本研究確定了在這種轉變中含有lncRNA（lncMN2-203）和兩個miRNAs（miR-325-3p和miR-384-5p）的MN特異性轉錄單位（MN2）的轉錄后作用。通過使用體外mESC分化和CRISPR/Cas9突變體的單細胞測序，本研究證明lncMN2-203通過海綿化miR-466i-5p和上調其靶標（包括參與神經元分化和功能的幾個因子）來影響MN分化。同時，與lncMN2-203共同轉錄的miR-325-3p和miR-384-5p通過抑制增殖相關因子發揮作用。這些發現表明了MN2基因座的功能相關性，并舉例說明了MN分化中額外的特異性調節層。
Fig5. 連接lncMN2-203、miR-466i-5p、mir-325-3p、miR-384-5p和MN分化的回路示意圖
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35698802/
