乳腺癌是全球女性癌癥相關死亡的最常見原因。三陰性乳腺癌（TNBC）是乳腺癌的一個亞群，其定義為雌激素受體（ER）、孕激素受體（PR）和人表皮生長因子受體2（HER2）的缺失。這一亞群約占所有乳腺癌的15％~20％。TNBC的特征是細胞增殖和轉移率高、預后差。主要的治療策略是常規化療和放療。迄今為止，FDA尚未批準針對TNBC的靶向療法。因此，迫切需要為TNBC尋找可行的分子靶標。
CircRNAs是共價閉合的單鏈環狀轉錄本。高通量測序和生物信息學分析揭示了circRNAs在不同物種中的廣泛表達。由于具有高度的穩定性、豐富和進化保守性，circRNA作為臨床疾病的生物標志物具有明顯的優勢。已經發現circRNAs具有一系列重要的生物學功能，包括microRNA海綿、RNA結合蛋白（RBPs）海綿、蛋白質/多肽翻譯模板、基因轉錄和RNA剪接調節因子。越來越多的證據表明，circRNAs在致癌和癌癥進展中起著至關重要的作用。據報道，剪接因子ESRP1介導的circANKS1B促進乳腺癌轉移。circANKS1B作為調節三陰性乳腺癌進展的預后因素和調節因子。此外，circRNAs在外泌體中富集并穩定，這為circRNAs作為新型腫瘤生物標記物的開發奠定了基礎。已經證明，circRNA是通過非規范的選擇性剪接產生的，而RNA結合蛋白（RNA-binding proteins, RBPs）對于circRNA的產生至關重要。然而，迄今為止，circRNAs在TNBC中的潛在功能、生物發生過程和潛在機制仍然不清楚。
為了解決這些科學問題，重慶醫科大學陳俊霞課題組于2020年4月7日在Molecular Cancer（IF10.679）期刊發表了題為The circRNA circSEPT9 mediated by E2F1 and EIF4A3 facilitates the carcinogenesis and development of triple-negative breast cancer的研究成果。報道了一個新的由E2F1和EIF4A3介導生成的circRNA circSEPT9，并揭示了circSEPT9通過circSEPT9/miR-637/LIF軸促進三陰性乳腺癌發生和發展的分子機制。暗示了circSEPT9可用作TNBC的潛在預后標志物和治療靶標。
首先，研究人員通過對4對TNBC組織和癌旁正常組織進行RNA測序以確定TNBC中差異表達的circRNAs，發現了47個上調和307個下調的差異表達circRNAs。在前15個上調的環狀RNAs中，研究人員重點關注的是一個新的circRNA circSEPT9，其由SEPT9基因外顯子2通過反向剪接產生。并進一步通過Sanger測序、RT-PCR、RNase R消化實驗證實了circSEPT9是一種環狀RNA。核質分離和FISH實驗顯示circSEPT9主要存在于TNBC細胞的細胞質中。
隨后通過qRT-PCR和原位雜交技術對TNBC中circSEPT9的表達及預后意義進行了評價。發現TNBC細胞和組織中circSEPT9的表達顯著增加，并與晚期臨床和預后不良呈正相關。
體內外功能實驗顯示，敲除circSEPT9可以顯著抑制TNBC細胞的增殖、遷移和侵襲，誘導TNBC細胞凋亡和自噬，并顯著抑制體內腫瘤的生長和轉移。而上調circSEPT9則產生相反的作用。
為了探討E2F1和EIF4A3對circSEPT9生物發生的潛在調控作用，研究人員通過染色質免疫沉淀（ChIP）、螢光素酶報告基因和RNA免疫沉淀（RIP）實驗發現E2F1和EIF4A3可能促進circSEPT9的生物發生。
此外，為了驗證TNBC中circSEPT9和miR-637之間的關系，研究人員通過熒光原位雜交（FISH）、熒光素酶報告基因和生物素偶聯的RNA pull-down實驗發現circSEPT9可以通過充當miR-637海綿來調節白血病抑制因子（LIF）的表達，并激活參與TNBC的LIF/Stat3信號通路。
本研究中生物素偶聯的RNA pull-down實驗涉及的biotinylated-circSEPT9 probe和生物素標記的miRNA mimics由銳博生物提供。
