lncRNA新研究進展盤點（20211224）

Fig1. NEAT1促進乳腺癌生長和轉移代謝變化的模型示意圖

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34879239/

長鏈非編碼RNA NORAD/miR-224-3p/MTDH軸通過促進β-catenin的核積累從而促進食管鱗狀細胞癌的CDDP耐藥

發表期刊：Mol Cancer

影響因子：27.401

發表時間：2021年12月10日

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背景：基于順式二氨二氯鉑（CDDP）的化療方案是食管鱗狀細胞癌（ESCC）患者最主要的治療策略。失調的長鏈非編碼RNAs（lncRNAs）會導致CDDP耐藥，從而導致ESCC患者治療失敗。然而，在ESCC中，大多數參與CDDP耐藥的lncRNAs仍有待闡明。

結果：NORAD在CDDP耐藥的ESCC組織和細胞中的表達高于CDDP敏感的組織和細胞。NORAD表達與接受基于CDDP化療的ESCC患者的術后預后呈負相關。NORAD敲低部分阻止了ESCC細胞的CDDP抗性。FISH顯示NORAD位于ESCC細胞的細胞質中。此外，生物信息學算法分析和qRT-PCR的重疊結果表明，NORAD可以在ESCC細胞中充當miR-224-3p海綿。Ago2-RIP證明，在ESCC細胞中，NORAD和miR-224-3p占據相同的Ago2以形成RNA誘導的沉默復合物（RISC），進而調節metadherin（MTDH）的表達。NORAD/miR-224-3p/MTDH軸通過促進體外和體內β-catenin的核積累來促進ESCC細胞的CDDP抗性和進展。

結論：NORAD通過充當miR-224-3p海綿上調MTDH以促進ESCC的CDDP抗性和進展。本研究結果強調了NORAD作為接受CDDP化療的ESCC患者治療靶點的潛力。

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Fig2. NORAD/miR-224-3p/MTDH軸在ESCC中的作用示意圖

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34893064/

MALAT1長鏈非編碼RNA中G-四鏈體結構的鑒定和靶向

發表期刊：Nucleic Acids Res

影響因子：16.971

發表時間：2021年12月14日

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RNA G-四鏈體（rG4s）在不同生物體的許多細胞過程中具有功能性作用。雖然在編碼信使 RNAs（mRNAs）中已經報道了許多rG4的例子，但到目前為止，對rG4s在非編碼RNAs（ncRNAs）中的作用的研究還很有限，尤其是在新興的并且在生物學中具有重要意義的長鏈非編碼RNAs（lncRNAs）中的作用。本研究報道了MALAT1 lncRNA包含保守的rG4基序，形成了具有平行拓撲結構的熱穩定rG4結構。本研究還發現MALAT1 lncRNA中的rG4s可以在體外和核細胞裂解物中以高特異性和親和力與NONO蛋白相互作用，并提供細胞數據以支持NONO蛋白通過rG4基序識別MALAT1 lncRNA。值得注意的是，本研究證明了MALAT1 lncRNA中的rG4s可以被rG4特異性小分子、多肽和L- aptamer靶向，導致MALAT1 rG4-NONO蛋白相互作用的解離。總而言之，這項研究揭示了MALAT1 lncRNAs中新的和重要的rG4s，揭示了它們與NONO蛋白的特異性相互作用，提供了通過其rG4結構靶向MALAT1及其RNA-蛋白復合物的多種策略，并說明了rG4s在ncRNAs中的普遍性和重要性。

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Fig3. 通過多種G4靶向工具抑制MALAT1 rG4-NONO相互作用

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34904666/

長鏈非編碼RNA H19調控神經內分泌前列腺癌的腫瘤可塑性

發表期刊：Nat Commun

影響因子：14.913

發表時間：2021年12月21日

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神經內分泌（NE）前列腺癌（NEPC）是一種致死的去勢抵抗性前列腺癌（PCa）亞型，是由雄激素剝奪治療（ADT）后新發或轉分化前列腺癌引起的。大量的計算分析已經確定了長鏈非編碼RNA（lncRNA） H19和NEPC之間存在高度的關聯，其最長的同種型在NEPC中高度表達。H19通過驅動NE表型（H19過表達）或管腔表型（H19敲低）的雙向細胞身份來調節PCa譜系可塑性。它有助于治療耐藥性，H19的敲低使PCa對ADT重新敏感。它對于NEPC的增殖和侵襲也是必不可少的。H19水平通過雄激素受體（AR）受到雄激素信號的負面調節。當雄激素缺失時，SOX2水平升高，驅動H19轉錄并促進轉分化。H19促進PRC2復合物調控AR驅動基因和NEPC相關基因的H3K27me3/H3K4me3組蛋白位點的甲基化變化。此外，該lncRNA誘導CpG位點全基因組DNA甲基化的改變，進一步調節與NEPC表型相關的基因。臨床數據將H19確定為NEPC的候選診斷標志物和預測標志物，其中H19水平升高與接受ADT的患者生化復發和轉移性疾病的可能性增加有關?？傊?，本研究報道了H19作為NEPC中細胞命運、可塑性和治療耐藥性的早期上游調節因子，一旦治療無效，它就可以將細胞逆轉/轉化為可治療的PCa形式。

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Fig4. PCa、NEtD和tNEPC期間H19轉錄和作用機制模型示意圖

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34934057/

念珠菌酵母病原體的長鏈非編碼RNA景觀

發表期刊：Nat Commun

影響因子：14.913

發表時間：2021年12月16日

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長鏈非編碼RNAs（lncRNAs）是一類研究較少的轉錄本，其在關鍵細胞過程中發揮著重要作用。盡管在廣泛的物種中已經對lncRNAs進行了表征，但在大多數真核微生物中，包括念珠菌分支的酵母病原體，這些分子在很大程度上仍未被探索。本研究分析了數千個公開可用的測序數據集，以推斷和表征五種主要念珠菌病原體的lncRNA庫：白色念珠菌、熱帶念珠菌、近平滑念珠菌、耳念珠菌和光滑念珠菌。研究結果表明，這些物種的基因組編碼了數百個lncRNAs，這些lncRNAs顯示出介于基因間基因組區域和蛋白質編碼基因之間的進化約束水平。盡管在所研究的物種中它們的序列保守性較低，但一些lncRNAs位于同一染色體上，并且富集在共有的序列基序中。研究發現了lncRNAs與特定蛋白質編碼轉錄本的共表達，暗示了其潛在的功能關聯。最后，本研究鑒定了四個研究物種在人類上皮細胞感染過程中差異表達的lncRNAs?？傊狙芯繉δ钪榫鷏ncRNAs的綜合生物信息學分析為這些轉錄本的未來功能表征鋪平了道路。

Fig5. 分析的念珠菌物種中的lncRNA景觀及其分子特性

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34916523/