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接下來，小編就給大家推薦兩個非常值得借鑒的m6A研究方案！
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研究方案Ⅰ
以腫瘤研究為例，依賴已有的TCGA數據庫或表達譜數據挖掘m6A修飾相關酶，對m6A修飾酶重要靶基因及功能進行篩選，直接與臨床實際相關聯。
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1、篩選差異表達m6A修飾相關酶
實驗方法：①使用TCGA轉錄組數據或高通量測序數據對m6A甲基化相關酶基因進行差異分析、共表達分析、調控網絡分析及臨床相關性分析；②選擇合適的細胞模型（1株正常細胞+2株腫瘤細胞），qPCR驗證差異表達m6A修飾相關酶。
預期結果：篩選出5個差異表達m6A修飾相關酶基因。
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2、m6A修飾相關酶siRNA篩選及確認細胞效應
實驗方法：①根據細胞活性、增殖情況等，選擇1株合適的細胞株；②選擇2個差異表達基因，使用不同siRNA處理細胞，檢測不同處理對細胞增殖、遷移、耐藥等的影響。
預期結果：篩選對差異基因有效應的siRNA。
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3、有效應m6A Writer、Reader或Eraser沉默樣品MeRIP測序
實驗方法：①選擇1個有效應的m6A修飾相關酶基因，使用siRNA處理細胞制備loss-of-function樣品；②對loss-of-function樣品進行MeRIP測序（3對樣品）。
預期結果：得到loss-of-function樣品的表達譜及修飾譜。
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4、生物信息學分析
實驗方法：①m6A甲基化peak及motif分析；②m6A修飾差異基因分析；③m6A甲基化與基因表達關聯分析；④m6A甲基化與基因可變剪切分析；⑤m6A修飾與疾病相關性分析。
預期結果：確定20個表達發生變化或m6A修飾發生變化的下游基因作為潛在效應靶點。
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5、候選相關基因高內涵功能篩選
實驗方法：①挑選20個候選基因，構建候選相關基因siRNA文庫，選擇1株細胞；②對siRNA處理后的細胞進行高通量高內涵篩選，3復孔一塊板，同時檢測細胞生物學表型。
預期結果：確認模型中起重要作用的m6A修飾靶點，即能重現或拮抗m6A修飾相關酶作用的靶點。
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6、后續研究
? 下游基因m6A修飾的作用機制研究及更多效應檢測；
? 大規模臨床樣品表達水平和m6A修飾驗證及臨床意義分析。
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研究方案Ⅱ
不依賴表達譜數據，直接從體外細胞實驗篩選有效應m6A修飾相關酶入手，對疾病相關m6A修飾酶重要靶基因及功能進行篩選。
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1、m6A修飾相關酶高通量高內涵篩選
實驗方法：①針對目前已確定的m6A修飾相關酶構建siRNA文庫，選擇1株細胞；②對siRNA處理后的細胞進行高通量高內涵篩選，3復孔一塊板，同時檢測細胞生物學表型。
預期結果：確定有細胞功能效應的m6A修飾相關酶。
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2、有效應m6A Writer、Reader或Eraser沉默樣品MeRIP測序
實驗方法：①選擇1個有效應的m6A修飾相關酶基因，使用siRNA處理細胞制備loss-of-function樣品；②對loss-of-function樣品進行MeRIP測序（3對樣品）。
預期結果：得到loss-of-function樣品的表達譜及修飾譜。
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3、生物信息學分析
實驗方法：①m6A甲基化peak及motif分析；②m6A修飾差異基因分析；③m6A甲基化與基因表達關聯分析；④m6A甲基化與基因可變剪切分析；⑤m6A修飾與疾病相關性分析。
預期結果：確定20個表達發生變化或m6A修飾發生變化的下游基因作為潛在效應靶點。
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4、候選相關基因高內涵功能篩選
實驗方法：①挑選20個候選基因，構建候選相關基因siRNA文庫，選擇1株細胞；②對siRNA處理后的細胞進行高通量高內涵篩選，3復孔一塊板，同時檢測細胞生物學表型。
預期結果：確認模型中起重要作用的m6A修飾靶點，即能重現或拮抗m6A修飾相關酶作用的靶點。
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5、后續研究
? 下游基因m6A修飾的作用機制研究及更多效應檢測；
? 大規模臨床樣品表達水平和m6A修飾驗證及臨床意義分析。
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針對以上m6A研究方案，銳博生物均可提供整體科研服務，歡迎咨詢！方案中涉及到的MeRIP-Seq技術服務，是利用單克隆抗體抓取存在m6A修飾的RNA片段，結合高通量測序技術，即可實現轉錄組學范圍內的m6A peak 檢測與motif分析。
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銳博MeRIP-Seq技術特色
? 平臺完整：MeRIP實驗+建庫測序分析+MeRIP qPCR 一站式服務
? 高成功率：成功開展超過1000例樣本，支持低至ng級別RNA建庫
? 靈活選擇：先進的建庫技術，采用NEB進口試劑，建庫方式和文庫片段大小可選
? 重復性好：豐富的項目經驗確保實驗重復性，已進行多樣本間的比較分析
MeRIP-Seq結果示例
客戶代表性文章
[1] Wang H, Hu X, Huang M, et al. Mettl3-mediated mRNA m6A methyl ation promotes dendritic cell activation[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 1898.
[2] Li T, Hu P S, Zuo Z, et al. METTL3 facilitates tumor progression via an m6A-IGF2BP2-dependent mechanism in colorectal carcinoma[J]. Molecular cancer, 2019, 18(1): 112.
[3] Ma L, Chen T, Zhang X, et al. The m6A reader YTHDC2 inhibits lung adenocarcinoma tumorigenesis by suppressing SLC7A11-dependent antioxidant function[J]. Redox biology, 2021, 38: 101801.
[4] Wei H, Pu J, W ang J, et al. IGF2BP2 promotes Liver Cancer growth through an m6A-FEN1-dependent mechanism[J]. Frontiers in Oncology, 2020, 10: 2377.
