真核生物中染色質是由DNA和蛋白質組成的復合物，研究DNA和蛋白質在染色質形式下的相互作用，對于闡明真核生物的基因表達機制具有重要意義。作為研究蛋白質與DNA相互作用的經典實驗方法，染色質免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)廣泛應用于組蛋白特異性修飾位點、轉錄因子結合位點等研究。整合了染色質免疫共沉淀與高通量測序技術的ChIP-Seq，是繼ChIP-chip之后，蛋白質與DNA相互作用研究的又一技術突破。
ChIP-Seq采用特異抗體對目的蛋白進行免疫沉淀，分離與目的蛋白結合的基因組DNA片段，對其進行純化和文庫構建，再通過高通量測序的方法，在全基因組范圍內尋找目的蛋白的DNA結合位點，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白或轉錄因子等互作的DNA片段信息。
服務優勢
- 超低量建庫：ng級別成功建庫、經驗豐富，測序客戶多次發表高分文章
- 全基因組覆蓋：可在全基因組范圍內對蛋白結合位點進行篩選與鑒定
- 有效分析：組蛋白/轉錄因子不同分析方案，準確區分真實結合峰和背景噪音
代表性客戶文章
- Lai Y, Cao X, Chen J, et al. Coordinated regulation of infection-related morphogenesis by the KMT2-Cre1-Hyd4 regulatory pathway to facilitate fungal infection[J]. Science advances, 2020, 6(13): eaaz1659.
- Zhuang Q , Li W , Benda C , et al. NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming[J]. Nature Cell Biology, 2018, 20(4):25.
- Han X, Yu H, Huang D, et al. A molecular roadmap for induced multi-lineage trans-differentiation of fibroblasts by chemical combinations[J]. Cell research, 2017, 27(3): 386.
項目流程
生物信息學分析項目
| 測序類型 | 基本分析 | 高級分析 |
|---|---|---|
| ChIP-seq測序（有參考基因組） | 1、 數據質量評估及QC 2、 參考基因組比對分析 3、 IP質評 4、 數據的可視化 5、 結合峰檢測 6、 結合峰（Peak）注釋 7、 結合峰motif檢測 8、 差異Peak分析 9、 差異Peak相關基因KEGG通路富集分析 10、 差異Peak相關基因GO功能富集分析 | 1、 生物學重復性樣品的重現性分析 2、 與其他測序數據關聯分析 |
常見問題
1. ChIP-Seq的應用范圍有哪些？
ChIP-Seq的數據是DNA測序的結果，為研究者提供了進一步深度挖掘生物信息的資源，研究者可以在以下幾方面展開研究：
1）判斷DNA鏈的某一特定位置會出現何種組蛋白修飾；
2）檢測RNA polymerase II或其它轉錄因子在基因組上結合位點的精確定位；
3）研究組蛋白共價修飾與基因表達的關系。
2. ChIP-Seq對樣品有什么要求？
ChIP-Seq測序需提供≥10ng的ChIP富集后的DNA樣品，要求無蛋白質、RNA及肉眼可見污染；DNA片段大小分布在100~500bp范圍，主峰明顯，且在200bp左右。。請提供DNA打斷后的檢測電泳圖以確定DNA片段大小是否符合要求，并請附加一份詳細的樣品信息單并提供ChIP后的qPCR驗證結果。
3. 樣品制備過程中是否需要PCR擴增？PCR擴增后是否會影響最終結果？
ChIP得到的DNA樣品量通常非常少，為了獲得足夠上機反應的DNA量，在文庫制備過程中一般需要經過一步PCR擴增。如果客戶提供的DNA樣品量充足，可減少PCR循環數或不進行PCR擴增。PCR擴增有可能帶來測序和分析結果偏向性。
