在真核生物中，RNA結合蛋白(RNA Binding Protein，RBP)種類繁多，在RNA剪切、轉運、序列編輯、胞內定位及翻譯控制等多個轉錄后調控過程中起著重要作用，因此了解RBP蛋白的功能對解開人類疾病有著重大意義。RNA Immunoprecipitation(RIP)作為研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術，是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具。利用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來，然后經過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA進行測序分析，利用該技術有望發現多種RNA的調節靶點。
服務優勢
● 全轉錄組覆蓋：可在全轉錄組范圍對蛋白結合位點進行篩選與鑒定
● 高靈敏度：每個樣本可獲得數百萬條的序列標簽，檢測轉錄本上更多的蛋白結合位點
● 高精確率：可獲得高水平的信噪比數據，準確區分真實事件與噪音
參考文獻
[1] Wan L, Yu W, Shen E, et al. SRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer[J]. Gut, 2019, 68(1): 118-129. （IF：17.943? 銳博服務：RIP-Seq? 研究領域：結直腸癌? 浙江大學）
項目流程
生物信息學分析項目
| 測序類型 | 基本分析 | 高級分析 |
|---|---|---|
| RIP-seq測序 （有參考基因組） | 1、 數據質量評估及QC 2、 rRNA Reads過濾 3、 參考基因組比對分析 4、 唯一比對reads的分布統計 5、 數據的可視化 6、 結合峰檢測 7、 結合峰注釋及統計 8、 基因表達分析 9、 結合峰的motif檢測 10、 共有及特有peak分析 11、 差異結合峰檢測 12、 差異Peak相關基因KEGG通路富集分析（僅限于模式物種） 13、 差異Peak相關基因GO富集分析（僅限于模式物種） | 1、 基因表達差異分析 2、與其他測序數據關聯分析 |
常見問題
1. CLIP-Seq和RIP-Seq有什么區別？
它們都是檢測RNA與RNA結合蛋白相互作用的技術。CLIP與RIP的關鍵差異在于紫外交聯和沉淀復合物后的凝膠純化步驟。CLIP技術可以給RNA-蛋白復合物的RNA末端帶上放射性或非放射性標記，并將這些復合物進SDS-PAGE分離，增加了特異性，并提高了cDNA文庫質量。
2. CLIP-Seq和RIP-Seq采用哪種測序方式？
CLIP-Seq測序一般采用SE50的測序模式，因為CLIP得到的RNA片段長度一般較小。而RIP得到的RNA片段則相對偏長，則可以根據實際質檢長度和研究目的選擇SE50或PE150測序模式。簡而言之，測序策略的選取主要取決于IP后RNA的長度。
