在真核生物中，RNA結合蛋白（RNA Binding Protein，RBP）種類繁多，在RNA剪切、轉運、序列編輯、胞內定位及翻譯控制等多個轉錄后調控過程中起著重要作用，因此了解RBP蛋白的功能對解開人類疾病有著重大意義。
CLIP-Seq，即紫外交聯免疫沉淀結合高通量測序（Cross-Linking and Immunoprecipitation High Throughput Sequencing），是一項在全基因組水平揭示RNA與RNA結合蛋白相互作用的革命性技術。
近年來，該技術廣泛應用于miRNA靶標鑒定等研究方向。在動物體內，成熟的單鏈miRNA與一系列蛋白形成miRNA誘導的沉默復合物（RISC），結合于靶mRNA的3’UTR區，阻止所結合的mRNA的翻譯或直接降解靶mRNA。通過CLIP-Seq技術在全基因組范圍內鑒定RISC中AGO2蛋白與RNA的結合位點，能夠明顯地降低miRNA結合位點預測的假陽性，并縮小miRNA結合位點搜尋空間的范圍。
服務優勢
● 準確性高：從活細胞交聯開始，真實反應體內環境下分子間相互作用
● 特異性強：紫外輻射不會造成蛋白和蛋白之間的交聯，特異性鑒定蛋白和RNA之間的相互作用
● 應用廣泛：特別適用于剪接因子RNA結合圖譜、miRNA作用靶點等研究
項目流程
生物信息學分析項目
| 測序類型 | 基本分析 | 高級分析 |
|---|---|---|
| CLIP測序 （有參考基因組） | 1、 數據質量評估及QC 2、 rRNA Reads過濾 3、 參考基因組比對分析 4、 唯一比對reads的分布統計 5、 數據的可視化 6、 結合峰檢測 7、 結合峰注釋及統計 8、 基因表達分析 9、 結合峰的motif檢測 10、 共有及特有peak分析 11、 差異結合峰檢測 12、 差異Peak相關基因KEGG通路富集分析（僅限于模式物種） 13、 差異Peak相關基因GO富集分析（僅限于模式物種） | 1、 基因表達差異分析 2、 與其他測序數據關聯分析 |
常見問題
1. CLIP-Seq和RIP-Seq有什么區別？
它們都是檢測RNA與RNA結合蛋白相互作用的技術。CLIP與RIP的關鍵差異在于紫外交聯和沉淀復合物后的凝膠純化步驟。CLIP技術可以給RNA-蛋白復合物的RNA末端帶上放射性或非放射性標記，并將這些復合物進SDS-PAGE分離，這樣增加了特異性，并提高了cDNA文庫質量。
2. CLIP-Seq和RIP-Seq采用哪種測序方式？
CLIP-Seq測序一般采用SE50的測序模式，因為CLIP得到的RNA片段長度一般較小。而RIP得到的RNA片段則相對偏長，則可以根據實際質檢長度和研究目的選擇SE50或PE150測序模式。簡而言之，測序策略的選取主要取決于IP后RNA的長度。
