MeRIP-Seq (methylated RNA immunoprecipitation sequencing)結合RNA-蛋白免疫共沉淀和高通量測序技術，可實現全轉錄組水平上RNA甲基化分析。由于甲基化修飾約占所有RNA修飾的60% 以上，而N6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine，m6A），作為最常見的一種轉錄后修飾，介導了超過80%的RNA甲基化?；贛eRIP-Seq分析RNA甲基化模式，加速了癌癥發生和轉移、胚胎發育、脂類代謝、環狀RNA翻譯和DNA損傷修復等生物學功能和作用機制的研究。銳博生物利用單克隆抗體抓取存在m6A修飾的RNA片段，結合高通量測序，實現轉錄組學范圍內的m6A peak檢測與motif分析。
代表性客戶文章
- Ma L, Chen T, Zhang X, et al. The m6A reader YTHDC2 inhibits lung adenocarcinoma tumorigenesis by suppressing SLC7A11-dependent antioxidant function[J]. Redox biology, 2021, 38: 101801.
- Wei H, Pu J, W ang J, et al. IGF2BP2 promotes Liver Cancer growth through an m6A-FEN1-dependent mechanism[J]. Frontiers in Oncology, 2020, 10: 2377.
- Wang H, Hu X, Huang M, et al. Mettl3-mediated mRNA m6A methyl ation promotes dendritic cell activation[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 1898.
- Li T, Hu P S, Zuo Z, et al. METTL3 facilitates tumor progression via an m6A-IGF2BP2-dependent mechanism in colorectal carcinoma[J]. Molecular cancer, 2019, 18(1): 112.
服務優勢
● 平臺完整： MeRIP實驗—建庫測序分析—MeRIP qPCR驗證，真正一站式服務
● 高成功率：成功開展超過1000例樣本，支持低至ng級別RNA建庫
● 靈活選擇：建庫方式和文庫片段大小可選
● 重復性好：豐富的項目經驗確保實驗重復性，已進行多樣本間的比較分析
實驗流程與項目流程
生物信息學分析項目
| 測序類型 | 基本分析 | 高級分析 |
|---|---|---|
| MeRIP測序 | 1、 堿基識別及質控 2、 rRNA reads過濾 3、 參考基因組比對分析 4、 唯一比對reads分布統計 5、 樣品間相關性分析 6、 數據可視化 7、 結合峰檢測及統計 8、 結合峰注釋及統計 9、 結合峰的motif檢測及注釋 10、 共有及特有peak分析 11、 差異結合峰檢測 12、 差異結合峰相關基因GO功能富集分析 13、 差異結合峰相關基因KEGG生物通路富集分析 14、 基因表達分析 15、 基因表達差異分析 16、 差異表達基因GO功能富集分析 17、 差異表達基因KEGG生物通路富集分析 18、 Peak富集度與轉錄本表達相關性分析 | 1、 m6A位點的預測（僅限于人，小鼠） 2、 m6A修飾與疾病相關性注釋（僅限于人） |
代表性參考文獻
1. Fu, Y., Dan, D., Rechavi, G., & He, C*. “Gene expression regulation mediated through reversible m6A RNA methylation.” Nature Reviews Genetics 15.5 (2014):293-306.
2. Roundtree, I. A., Evans, M. E., Pan, T., & He, C*. “Dynamic RNA Modifications in Gene Expression Regulation.” Cell 169.7 (2017):1187
常見問題
1. 開展MeRIP-seq是否有物種限制？
有參考基因組，且基因組拼接至染色體水平，gtf注釋文件較完整物種都可以開展。真核、原核或病毒在結合峰檢測涉及的軟件和參數存在差別，原核或病毒項目建議先評估。
2. 為什么MeRIP項目需要同時測Input和IP樣本？
MeRIP項目中Input和IP組成一對樣品。實驗環節IP樣品用m6A抗體特異性富集甲基化修飾的RNA片段，而Input僅僅是片段化的RNA則作為對照消減背景噪音，在建庫、測序平行開展。結合峰檢測分析需整合兩個樣本的數據，并利用Input數據排除本底表達水平高或非特異性結合的peaks，以提高calling peak的準確性。
