宏基因組測序，是對特定環境樣品中的微生物群落基因組進行高通量測序，以分析微生物群體基因組成及功能，解讀微生物群體的多樣性與豐度，探求微生物與環境、微生物與宿主之間的關系，發掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因組測序研究擺脫了微生物分離培養的過程，擴展了微生物資源的利用空間，為微生物的研究提供了有效工具。
服務優勢
● 檢測精度高，可檢測單個堿基差異；信息更全面，對高低豐度的物種基因都能發現
● 通量高，周期快，單次測序針對樣本中所有物種
● 提供全面的抗生素因子分析，可根據客戶需求提供定制化分析
項目流程
生物信息學分析項目
| 測序類型 | 基本分析 | 高級分析 |
|---|---|---|
| 宏基因組測序 | 1、 數據質量評估及QC 2、 去除宿主序列 3、 基因組組裝 4、 基因預測 5、 樣品間非冗余基因分析 6、 非冗余基因集豐度計算 7、 基因功能注釋 ????7.1 KEGG生物通路富集分析 ????7.2 碳水化合物活性酶（CAZyme）注釋 ????7.3 抗生素抗性基因（ARDB）注釋 ????7.4 eggNOG功能注釋 8、 物種組成分析 ????8.1 物種注釋及豐度統計 ????8.2 Rank-Abundance曲線分析 ????8.3 Specaccum物種累積曲線分析 ????8.4 多樣品物種豐度聚類圖 9、 Beta多樣性分析 ????9.1 樣品間距離計算 ????9.2 樣品間UPGMA聚類分析 ????9.3 樣品間主成份分析（PCA分析，>=10個樣品） ????9.4 樣品間主坐標分析（PCoA分析，>=10個樣品） ????9.5 非度量多維尺度分析（NMDS） | 1、 單樣本多級物種組成圖 2、 ANOSIM組間相似性分析 3、 MRPP組間相似性分析 4、 物種軼和檢驗差異分析 5、 RDA/CCA相關分析 6、 物種LEfSe差異分析 7、 STAMP差異分析 7.1 兩組樣本Welch’s t-test分析 7.2 兩個樣本Fisher’s exact test分析 7.3 多組樣本ANOVA |
常見問題
1. 宏基因組測序的樣品制備有什么要求？
宏基因組測序需提供樣品量≥3g、樣品濃度≥30ng/μl的DNA樣品，無蛋白質、RNA或肉眼可見污染。需提供凝膠電泳圖，要求凝膠電泳圖顯示主帶明顯可辨。
2. 相比于單個個體的研究，宏基因組測序有哪些優勢？
微生物通常是以群落方式共生于某一小生境中，它們的很多特性是基于整個群落環境及個體間的相互影響的，因此宏基因組研究比做單個個體的研究更能發現其特性；宏基因組研究無需分離單個細菌，適用于研究那些不能被實驗室分離培養的微生物。
3. 16S rDNA測序和宏基因組de novo測序有什么不同？
16S rDNA測序是針對細菌核糖體小亞基的特定高變區進行PCR擴增，反映物種的進化關系及群落多樣性。宏基因組de novo測序測定整個環境中所有微生物的基因組，不僅可以反映物種進化關系及群落多樣性，還可以分析物種組成、功能注釋等，相比16S rDNA可分析的層面更廣泛更全面，成本也較高。
