外顯子組（Exome）測序是指利用序列捕獲技術將全基因組外顯子區域DNA捕捉并富集后進行高通量測序的基因組分析方法。通過高通量測序技術進行外顯子組測序，能夠直接發現與蛋白質功能變異相關的遺傳突變。相比于全基因組重測序，外顯子組測序更加經濟、高效，更適用于大樣本量疾病及癌癥樣本分析。目前，外顯子組測序技術已經應用到尋找與各種復雜疾病相關的致病基因和易感基因的研究中。
服務優勢
● 捕獲效率高、覆蓋度好，確保精確的文庫和高質量的數據
● Reads分布均一性好，改善測序偏好性
● 自主研發的基因組數據分析方法和算法，提供多種遺傳疾病及腫瘤方向的高級分析
項目流程
生物信息學分析項目
| 測序類型 | 基本分析 | 高級分析 |
|---|---|---|
| 腫瘤外顯子組測序 Whole-Exon Sequencing | 1、 數據質量評估 2、 序列基因組比對 3、 變異位點檢測（以下分析為二選一） ????3.1 單樣品變異位點檢測（SNP/InDel） ????3.2 成對樣品體細胞變異位點檢測（針對腫瘤樣品，Somatic SNP/Somatic InDel/CNV檢測/LOH分析） 4、 變異位點注釋（包括功能區域、人群頻率、致病性、COSMIC等疾病數據庫的注釋） 5、 易感基因篩查 6、 融合基因分析 7、 變異位點匯總（circos圖） （以下分析僅適用成對腫瘤樣品，建議>=10對） 8、 突變特征性分析 9、 高頻突變基因分析 10、 高頻突變基因GO富集分析 11、 高頻突變KEGG通路富集分析 12、 高頻突變基因互作分析 ????12.1 高頻突變基因相關性分析 ????12.2 高頻突變基因蛋白互作分析 | 1、 腫瘤純度及倍性分析（適用于成對腫瘤樣品） 2、 腫瘤異質性及克隆結構分析（適用于>=10成對腫瘤樣品） 3、 顯著CNV區域分析（適用于>=10成對腫瘤樣品） 4、 腫瘤進化樹分析 5、 突變基因位點分布分析 6、 臨床數據整合分析（PFS、OS） 7、 臨床用藥建議 ????7.1 靶向用藥預測 ????7.2 耐藥基因篩選 |
| 遺傳病相關外顯子組測序 Whole-Exon Sequencing | 1、 數據質量評估 2、 序列基因組比對 3、 變異位點檢測 ????3.1 SNV檢測 ????3.2 InDel檢測 ????3.3 CNV檢測（針對成對樣品） 4、 變異位點注釋 ????4.1 SNV位點注釋 ????4.2 InDel位點注釋 5、 突變位點篩選 6、 突變基因GO功能富集分析 7、 突變基因KEGG通路富集分析 8、 融合基因分析 9、 變異位點匯總（circos圖） | 單基因遺傳病 1、 連鎖分析 2、 共有變異位點篩選 3、 遺傳模式篩選 4、 突變位點分布分析 5、 ROH分析 6、 候選基因分析 7、 基因與疾病關聯分析 復雜疾病 1、 GWAS關聯分析 2、 共有變異位點篩選 3、 遺傳模式篩選 4、 突變位點分布分析 5、 新生突變位點檢測 6、 候選基因分析 7、 蛋白互作網絡 8、 疾病與基因關聯分析 |
常見問題
1. 相對于全基因組測序，外顯子有那些優勢與不足？
人類的外顯子組約占基因組的1%～2%，包含了蛋白質合成的重要信息，是基因行使功能最直接的體現，絕大部分疾病或性狀相關的變異位于外顯子區域。與全基因組重測序相比，全外顯子組測序僅針對外顯子區域內部和邊界區域的DNA進行測序，覆蓋度更深，數據準確性更高，可更加經濟、高效地發現與疾病或表型相關的個體遺傳變異及罕見突變。人全外顯子組測序技術已逐步應用到單基因致病基因和復雜疾病易感基因研究中。其不足之處是只能獲得外顯子區域內部及邊界附近的變異信息，很難檢測到基因組內大的結構變異。
2. 外顯子組測序的深度要求？
當測序深度為6x時，對目標區域的覆蓋度可達到90%，深度為100x時，reads對外顯子區域的覆蓋已接近飽和。更高的測序深度對覆蓋度的影響不大，但是能夠增加檢測SNPs及InDels及稀有致病變異位點的準確性。
