長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA，lncRNA)是一類長度在200nt以上，不編碼蛋白的RNA分子。起初lncRNA被認為是RNA聚合酶II轉錄的副產物，不具有生物學功能。最近幾年的研究表明lncRNA具有保守的二級結構，可以與蛋白、DNA和RNA相互作用，參與多種生物學過程的調控，如染色質修飾、轉錄激活和抑制、轉錄后調節以及作為miRNA的誘導分子干擾基因的表達等，因此lncRNA是一片非常廣闊的未知領域，具有極大的研究價值和意義。通過rRNA去除的方法，富集lncRNA和mRNA建庫測序，可分析lncRNA和mRNA的表達情況，并發現大量新的lncRNA。
結合在lncRNA研究領域多年的經驗，根據提取方式、建庫難度和類型不同，銳博生物提供多種lncRNA測序服務：
● 組織、細胞lncRNA測序
● 外泌體（Exosomes）lncRNA測序
服務優勢
● 專利外泌體抽提技術，配合特有微量RNA建庫方法，提供外泌體lncRNA測序整體服務
● 優化數據分析方法和算法，數據利用率高，可進行lncRNA二級結構預測、mRNA/lncRNA共表達網絡分析
● 自主研發的lncRNA系列產品，提供下游功能驗證服務
代表性客戶文章
- Li M, Xie Z, Cai Z, et al. lncRNA-mRNA expression profiles and functional networks of mesenchymal stromal cells involved in monocyte regulation[J]. Stem cell research & therapy, 2019, 10(1): 1-14.
- Bian Z, Zhang J, Li M, et al. LncRNA–FEZF1-AS1 promotes tumor proliferation and metastasis in color ectal Cancer by regulating PKM2 signaling[J]. Clinical Cancer Research, 2018, 24(19): 4808-4819.
- Huang Z, Du G, Huang X, et al.The enhancer RNA lnc-SLC4A1-1 epigenetically regulates unexplained recurrent pregnancy loss (URPL) by activating CXCL8 and NF-kB pathway[J]. EBioMedicine, 2018, 38: 162-170.
項目流程
生物信息學分析項目
| 測序類型 | 基本分析 | 高級分析 |
|---|---|---|
| lncRNA測序 | 1、 數據質量評估及QC 2、 核糖體RNA去除率計算 3、 參考基因組比對與全基因組reads分布圖譜 4、 基因表達量整體水平 5、 樣品（組）間基因表達差異分析 6、 差異基因KEGG生物通路富集分析 7、 差異基因Gene Ontology（GO）功能富集分析 8、 轉錄本表達量整體水平 9、 已知mRNA表達量 10、 已知mRNA表達差異分析 11、 已知ncRNA表達量 12、 已知ncRNA表達差異分析 13、 哺乳動物已知ncRNA保守性分析 ????13.1 近緣物種的保守性分析 ????13.2 Phylop保守性分析 14、 新lncRNA預測 15、 新lncRNA表達量計算 16、 新lncRNA表達差異分析 17、 新lncRNA家族分析 18、 SNP和InDel檢測及注釋 19、 樣品間相關性分析 20、 樣品間主成分分析 21、 時間序列分析（與分析5二選一） 以下限50條序列分析（僅限于人、大鼠、小鼠物種） 22、 lncRNA靶基因預測 23、 lncRNA與靶基因互作分析 24、 lncRNA靶基因KEGG生物通路富集分析 25、 lncRNA靶基因Gene Ontology （GO）功能富集分析 26、 蛋白互作分析 | 1、 共表達分析（樣品>=10） 2、 lncRNA Disease注釋 3、 腫瘤藥物注釋 3.1 腫瘤耐藥基因注釋 3.2腫瘤靶向藥物注釋 4、 新lncRNA二級結構預測 5、 基因融合分析 6、 基因結構優化 ????6.1 已知基因結構注釋優化 ????6.2 新基因注釋 7、 可變剪切分析（rMATs） 8、 lncRNA-miRNA互作分析 9、 基因富集分析（GSEA）（每組至少3個生物學重復樣品） 10、 加權基因共表達網絡分析（WGCNA）（樣品>=10） 11、 基因亞細胞定位注釋 12、 RNA結合蛋白預測 13、 組織特異性分析（基于數據庫挖掘，僅限于人） 14、 組織特異性分析（多組織測序數據，不限物種） 15、 腫瘤樣品純度分析 16、 已知lncRNA甲基化注釋 17、 eRNA分析 |
常見問題
1. 銳博生物如何收集lncRNA？
我們采用Epicentre Ribo-Zero rRNA Removal 試劑盒處理總RNA去除rRNA的方法，收集99%以上的lncRNA，多次實驗證明，采用此方法得到的測序reads在轉錄本上分布均一，無3’和5’偏向性，是得到高質量數據的有效保障。
2. 銳博生物提供exosomes中lncRNA測序和分析的同時，是否提供exosomes提取服務。對樣品有何要求？
利用自主研發的RiboTM Exosome Isolation Reagent提取試劑盒，銳博可提供人、大小鼠細胞上清、血清、血漿及其他體液的exosomes提取服務，通過大量實驗驗證，使用RiboTM Exosome Isolation Reagent可高效提取結構和功能完整的exosomes，產物可用于NGS、細胞共培養以及體內注射等后續功能實驗。
3. 銳博生物能否對lncRNA測序分析得到的結果提供驗證服務？
銳博生物能夠提供lncRNA研究的一站式服務，涵蓋從上游目標發現到下游功能研究的產品和服務?；谖覀冊诤怂嵫芯款I域多年的經驗積累，銳博能夠提供lncRNA測序分析后全面的下游服務，包括qPCR檢測服務、功能驗證等。同時，我們研發的lncRNA Smart Silencer等產品也廣泛應用于lncRNA的進一步功能研究。
