Small RNA（小RNA）主要包含miRNA、piRNA、snoRNA、tsRNA等RNA分子。小RNA參與基因表達與調控、RNA的加工與剪切、蛋白質翻譯、遺傳“入侵”抑制、配子發生等重要生物學過程，是生命活動中不可少的調控因子。微小RNA(microRNA，簡稱miRNA)是小RNA中最主要部分，可通過識別靶mRNA實現轉錄后的基因調控。研究表明，包括癌癥、心血管疾病、免疫系統疾病在內的多種疾病與miRNA的調控作用密切相關。近年來，由于小RNA測序技術的應用，越來越多的miRNA被發現和進行功能鑒定,并廣泛應用于疾病診斷、個性化治療和預后等領域。
結合在Small RNA研究領域多年的經驗，根據提取方式、建庫難度和類型不同，銳博生物提供多種Small RNA測序服務：
● 組織、細胞Small RNA測序
● 外泌體(exosomes) Small RNA測序
服務優勢
- 可檢測單個堿基差異，精準區分相同家族或序列相似度極高的miRNA
- 自主研發的數據分析方法和算法，可鑒定已知miRNA，也可以預測新的miRNA
- 延展non-miRNA的多類small RNA分析，實現數據的最大化利用
項目流程
代表性客戶文章
- Qiu Y, Xu Y P, Wang M, et al. Flavivirus induces and antagonizes antiviral RNA interference in both mammals and mosquitoes[J]. Science advances, 2020, 6(6): eaax7989.
- Xu Y P, Qiu Y, Zhang B, et al. Zika virus infection induces RNAi-mediated antiviral immunity in human neural progenitors and brain organoids[J]. Cell research, 2019, 29(4): 265-273.
- Xia R, Chen C, Pokhrel S, et al. 24-nt reproductive phasiRNAs are broadly present in angiosperms[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 1-8.
生物信息學分析項目
| 測序類型 | 基本分析 | 高級分析 |
|---|---|---|
| 小RNA測序 | 1、 數據質量評估及QC 2、 序列比對 3、 全基因組Reads分布圖譜 4、 ncRNA分類與注釋 5、 已知miRNA分析 ????5.1 已知miRNA表達量 ????5.2 已知miRNA整體表達量分析 ????5.3 已知miRNA長度分析 ????5.4 已知miRNA堿基偏好性分析 6、 基因組重復區域注釋 7、 功能元件注釋 8、 新miRNA預測 9、 共有及特有序列分析 10、 樣品間miRNA表達差異分析 11、 miRNA家族分析（僅限于模式物種） 12、 miRNA保守性分析（僅限于模式物種） 13、 miRNA堿基編輯分析 14、 樣品間相關性分析 15、 樣品間主成份分析 16、 差異表達miRNA靶基因預測（已知miRNA，僅限于人/大鼠/小鼠三個物種） ????16.1 miRNA基本信息 ????16.2 靶基因預測方法介紹 16.3 靶基因預測結果 16.4 候選靶基因 17、 差異表達miRNA靶基因的KEGG通路富集分析 18、 差異表達miRNA靶基因的GO功能富集分析 | 1、 miRNA靶基因預測（非模式物種或新miRNA） 2、 新miRNA差異表達分析 3、 miRNA疾病數據庫注釋（僅限于人） 4、 miRNA組織特異性表達（基于數據庫挖掘，僅限于人） 5、 miRNA組織特異性表達（多組織測序結果，不限物種） piRNA分析（僅限于人/大鼠/小鼠/果蠅四個物種） 1、 已知piRNA分析表達量 2、 已知piRNA長度分析 3、 已知piRNA堿基偏好性分析 4、 已知piRNA整體表達量分析 5、 piRNA差異分析 6、 piRNA表達聚類分析 7、 piRNA靶基因預測 8、 piRNA靶基因的KEGG通路富集分析 9、 piRNA靶基因的GO功能富集分析 tsRNA分析 1、 tsRNA來源分析 2、 tsRNA表達量分析 3、 ts差異分析 4、 tsRNA表達聚類分析 |
常見問題
1.沒有參考基因組的物種，或miRBase沒有參考物種的miRNA序列，可以做small RNA測序嗎？
無參考基因組的物種可以先做無參轉錄組拼接轉錄本，以轉錄本作為參考序列用于small RNA測序分析，或用近緣物種的基因組作為參考；miRBase沒有收錄待研究物種的miRNA序列，可用近緣物種的miRNA序列進行注釋。
2. 銳博生物能否對Small RNA測序分析得到的結果提供驗證服務？
銳博生物能夠提供miRNA的一站式服務，涵蓋從上游驗證到下游功能研究服務。其中包括qPCR檢測服務、靶基因驗證服務以及各類miRNA mimic、inhibitor、agomir、antagomir產品。
3. 測序得到的miRNA數據只會使用miRBase數據庫進行比對嗎？
miRBase是最常用的miRNA數據庫，它提供包括miRNA序列數據、注釋、預測基因靶標等信息的全方位數據庫，是miRNA研究權威數據依據之一。除miRBase數據庫之外，銳博生物還會利用其他30多個關于動植物、微生物和人類的miRNA數據庫進行miRNA的驗證，結構預測和靶基因預測等數據分析。
4. miRNA高通量測序需要預先提供序列信息嗎？
無需提供序列信息。miRNA高通量測序分析可適用于有參考基因組和無參考基因組物種。對于有參物種，建議客戶提供參考基因組，可進行已知miRNA表達量及差異表達分析和候選新miRNA的預測分析；對于無參考基因組物種，可基于同源序列比對得到miRNA，無法進行新miRNA預測。
