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外泌體廣泛存在于細胞上清與外周血、尿液、腹水等體液中,可來自各種類型細胞。外泌體的內容物含蛋白質、脂質和核酸等,外泌體的脂膜包裹和保護,使得內容物可以保持其原有穩定性和生物學功能。外泌體RNA特別是非編碼RNA,在不同的疾病模型中存在明顯的表達差異,有望成為液體活檢的重要分子標志物,并揭示疾病發生的機理。利用高通量轉錄組測序技術可以同時檢測其所含RNA分子如lncRNA,mRNA,對外泌體mRNA、lncRNA等的鑒定和調控功能進行研究。

服務優勢

1、專利外泌體抽提技術,配合特有微量RNA建庫方法,提供lncRNA測序整體服務
2、采用3個外泌體或囊泡數據庫,注釋信息更完善,為深入挖掘結果提供佐證
3、多種差異表達計算方法,可根據項目情況靈活選擇算法,展現更完美的數據
4、全新的比對軟件,分析速度更快,結果更準確
5、提供腫瘤研究的臨床數據分析,使得分析結果更加飽滿。

外泌體研究全面技術路線

高通量測序與分析流程

生物信息學分析項目

測序類型基本分析高級分析
外泌體lncRNA測序數據質量評估及QC
核糖體RNA去除率計算
參考基因組比對與全基因組reads分布圖譜
基因表達量整體水平
樣品(組)間基因表達差異分析
差異基因KEGG生物通路富集分析
差異基因 Gene Ontology (GO)功能富集分析
轉錄本表達量整體水平
已知mRNA表達量
已知mRNA表達差異分析
已知ncRNA表達量
已知ncRNA表達量差異分析
哺乳動物已知ncRNA保守性分析
· 近緣物種的保守性分析
· Phylop保守性分析
SNP和InDel檢測及注釋
樣品間相關性分析
樣品間主成分分析
時間序列分析(與分析5二選一)
以下限50條序列分析(僅限于人、大鼠、小鼠物種)
lncRNA靶基因預測
lncRNA與靶基因互作分析
lncRNA靶基因KEGG生物通路富集分析
lncRNA靶基因Gene Ontology (GO)功能富集分析
1、共表達分析(樣品>=10)
2、lncRNA Disease注釋
3、腫瘤藥物注釋
3.1 腫瘤耐藥基因注釋
3.2腫瘤靶向藥物注釋
4、基因融合分析
5、可變剪切分析(rMATs)
6、lncRNA-miRNA互作分析
7、基因富集分析(GSEA)
(每組至少3個生物學重復樣品)
8、加權基因共表達網絡分析
(WGCNA)(加權基因共
表達網絡分析,樣品>=10)
9、RNA結合蛋白預測
10、已知lncRNA甲基化注釋
11、eRNA分析
12、外泌體特有基因注釋

常見問題

1.銳博生物提供exosomes中lncRNA測序和分析的同時,是否提供exosomes提取服務,對樣品有何要求?

利用自主研發的RiboTM Exosome Isolation Reagent提取試劑盒,銳博可提供人、大小鼠細胞上清、血清、血漿及其他體液的exosomes提取服務,通過大量實驗驗證,使用RiboTM Exosome Isolation Reagent可高效提取結構和功能完整的exosomes,產物可用于NGS、細胞共培養以及體內注射等后續功能實驗。

2.細胞培養狀態是否會影響外泌體的測序分析結果?

會,不同培養條件的細胞分泌的外泌體量不同;在細胞凋亡的過程中,會釋放大量的凋亡小體和細胞碎片,凋亡小體也是囊泡狀結構,在外泌體分離時難以排除凋亡小體,從而影響測序數據。

3.送樣要求有哪些要求?

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